入れ替えた[Ctrl]キーが、トラックパッドのクリック時に認識されないときは

[Ctrl]と[CapsLock]を入れ替える

[Ctrl]キーがキーボードの左下だと、EmacsなんかでCtrlを多用しているとき、左手の小指がつりそうになります。
[Ctrl]は[A]の左隣、[CapsLock]の位置にいてほしい。

というわけで、[Ctrl]と[CapsLock]を入れ替えます。
入れ替えはChange Keyで。インストール不要、常駐もしないのがうれしいです。（このソフトが行なうのは、レジストリの HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout の Scancode Map の値を書き換えるだけ）

トラックパッド操作では入れ替えた[Ctrl]が無視される？

入れ替えてしばらく使っていたら、どうもおかしいのです。
キーボード操作では確かに[CapsLock]と[Ctrl]は入れ替わっています。（たとえば入れ替え後の[Ctrl]+[X]で切り取りできます）
でも、トラックパッドと組み合わせた操作、たとえば入れ替え後の[Ctrl]+クリックが認識されません。

これではエクスプローラーでファイルを複数選択できませんし、Webブラウザでリンクを新規タブで開くこともできません。
元々の[Ctrl]キーではそんなことなかったので、トラックパッドのドライバーが入れ替え前のキーを見て挙動を変えているようです。

入れ替えずに使うのは小指の危機なので、解決法を探してみたら……ありました！

パームチェックの感度を最小にして解決

1. コントロールパネル→マウス→ThinkPad→拡張

2. 拡張→スマートチェック→パームチェックのしきい値を「最小」に

これで入れ替え後の[Ctrl]+クリックがちゃんと認識されるようになりました。

ただ、この“パームチェック”機能はもともと誤操作を防ぐためのもの。
この機能を最小化したため、キーボード入力中にうっかりパッドに触れると、タップ（クリック）扱いされるようになってしまいます。
トラックパッドのドライバーが、[Ctrl]かどうかを（物理キーじゃなくて）スキャンコードで判断してくれればいいのに…とも思いますが、とりあえずは一件落着です。